En el mismo informe que apunta al envejecimiento prematuro de los F35B, que puede reducir su potencial operativo a solo 2100 horas de vuelo en lugar de las 8000 esperadas, Mal funcionamiento del sistema de mantenimiento automático del dispositivo., denominados ALIS, también se divulgan ampliamente.
Por lo tanto, el sistema requeriría tiempos de preparación de la misión particularmente largos, incompatibles con los plazos operativos. Por otro lado, el mantenimiento predictivo y el sistema de pedido de repuestos es defectuoso, por ejemplo, a veces muestra tiempos de reposición de varios años. Estas disfunciones dieron lugar a numerosas cancelaciones o aplazamientos de misiones, lo que obstaculizó, según el informe, las capacidades operativas de la aeronave.
También parece que los datos procesados por ALIS carecen singularmente de carácter genérico, ya que cada fabricante de equipos formatea sus datos para sus propias necesidades y no para uso global. Por último, el informe critica los procedimientos de prueba utilizados por el fabricante, considerando que están muy alejados de los usos reales en bases militares y talleres.