V tej istej správe, ktorá poukazuje na predčasné starnutie F35B, čo by mohlo znížiť ich operačný potenciál len na 2100 letových hodín namiesto očakávaných 8000, poruchy systému automatickej údržby zariadenia, nazývané ALIS, sú tiež široko odhalené.
Systém by si teda vyžadoval mimoriadne dlhé časy prípravy misií, ktoré by neboli zlučiteľné s prevádzkovými termínmi. Na druhej strane je chybný systém prediktívnej údržby a objednávania náhradných dielov, napríklad niekedy zobrazuje niekoľkoročné doby naskladnenia. Tieto poruchy viedli k mnohým zrušeniam alebo odkladom misií, čo podľa správy obmedzilo operačné schopnosti lietadla.
Zdá sa tiež, že údaje spracovávané ALIS majú jedinečne nedostatok generického charakteru, pričom každý výrobca zariadení formátuje svoje údaje pre svoje potreby, a nie na globálne použitie. Nakoniec, správa kritizuje testovacie postupy používané výrobcom, keďže majú ďaleko od skutočného použitia na vojenských základniach a v dielňach.