Στην ίδια έκθεση που επισημαίνει την πρόωρη γήρανση των F35B, η οποία μπορεί να μειώσει το επιχειρησιακό δυναμικό τους σε 2100 ώρες πτήσης αντί για τις 8000 αναμενόμενες, δυσλειτουργίες του συστήματος αυτόματης συντήρησης της συσκευής, που αναφέρονται ως ALIS, αποκαλύπτονται επίσης ευρέως.
Έτσι, το σύστημα θα απαιτούσε ιδιαίτερα μεγάλους χρόνους προετοιμασίας αποστολής, ασυμβίβαστο με τις προθεσμίες λειτουργίας. Από την άλλη πλευρά, το σύστημα πρόβλεψης συντήρησης και παραγγελίας ανταλλακτικών είναι ελαττωματικό, για παράδειγμα μερικές φορές δείχνει χρόνους επαναφόρτισης αρκετών ετών. Αυτές οι δυσλειτουργίες έχουν οδηγήσει σε πολλές ακυρώσεις ή αναβολές αποστολών, παρεμποδίζοντας, σύμφωνα με την έκθεση, τις επιχειρησιακές ικανότητες του αεροσκάφους.
Il apparaît, en outre, que les données traitées par l’ALIS manquent singulièrement de caractère générique, chaque équipementier formatant ses données vis-à-vis de ses propres besoins, et non pour une exploitation globale. Enfin, le rapport est critique quand aux procédures de tests utilisées par le constructeur, estimant qu’elles sont éloignées des usages réels sur les bases militaires et dans les ateliers.